Vallfogona fou repoblada abans del 1038 com a resultat de la restauració que feren per aquests indrets els Queralt i els Cervelló. En aquells primers temps i fins avançat el segle XII la vall de Vallfogona s’anomenava Vallis Alfedi o vall d’Alfeu, nom que també surt en els primers documents com Alfez o Alfoz i que sembla correspondre a un antropònim d’un moro o cristià anomenat Alfeu.

A la fi del segle XII senyorejava el lloc Gombau d’Oluja, descendent dels Queralt-Timor, el qual el 1190, junt amb la seva muller, va donar el castell de Vallfogona a l’orde del Temple; el 1197 va repetir i ampliar aquesta donació amb motiu de l’entrada del matrimoni en l’orde del Temple. El 1193 els templers ja hi tenien instal·lada una preceptoria, que al principi del segle següent es va convertir en comanda de Vallfogona. En depenien Albió i la torre i la quadra de Carbonells. La comanda de Vallfogona va continuar dintre l’orde templer, sovint amb un comanador comú amb Barberà, fins a la dissolució de l’orde el 1312; després va passar als hospitalers. El 1416 els hospitalers feren restaurar el castell, que continuà com a cap de comanda fins el 1811, dita comanda de Vallfogona de Comalats. Els comanadors tenien tot el domini i la jurisdicció per compra feta al rei Pere III el 1312. Quan el comanador no residia al lloc hi tenia algun cavaller de l’orde i un batlle que el representaven.

El poble, que era fortificat i tancat amb murs i torres —la torre del Planell, propera a la rectoria, es va demolir al segle XVIII— es regia per un consell que administrava la vida quotidiana i els béns comunals. També hi havia un hospital, que va continuar la seva tasca d’assistència als pelegrins i als malalts fins al segle XIX.

De l’esplendor passada de Vallfogona i del seu culte és un indici el fet que, a més del seu rector, dels segles XV al XVII hi havia a l’església uns altres quatre sacerdots beneficiats.

Rector de Vallfogona de Riucorb